В последние дни войны Коити Сикисима, выполняя задание камикадзе, вынужден был посадить самолёт на острове Одо, где находилась ремонтная база японской армии. В ту же ночь остров атаковал огромный ящер, которого местные называли Годзиллой, и Коити чудом выжил, но навсегда унес с собой тяжесть пережитого. Вернувшись в разрушенный Токио, где от его дома остались лишь руины, он пытается заново собрать жизнь по кускам.
Коити встречает девушку, потерявшую семью и спасшую младенца во время налёта, и постепенно между ними возникает хрупкая связь. Он устраивается в команду по разминированию в Токийском заливе, где день за днём выполняет опасную работу, стараясь искупить вину за прошлое. Но спокойствие оказывается недолгим: их небольшой деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний стал ещё крупнее и опаснее, и теперь обычным людям приходится бросить вызов чудовищу, чтобы выжить.
