После тяжёлых потерь Цезарь ведёт свой народ через леса, стараясь уберечь обезьян от новой войны с людьми. Но отряд солдат под командованием безжалостного Полковника находит их убежище, и мир между видами окончательно рушится. Цезарь, разрываемый между жаждой мести и стремлением защитить своих, решает сам выйти на след врага, чтобы остановить кровопролитие и спасти оставшихся в живых.
Погоня быстро превращается в личную войну, где Цезарь сталкивается не только с армией людей, но и с собственным гневом. На пути он теряет близких, находит неожиданных союзников и всё сильнее понимает, что исход этой битвы определит судьбу всей планеты. В решающем столкновении Цезарь и Полковник сходятся лицом к лицу, и именно их поединок должен решить, кто займёт место хозяина на Земле.